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像当时大多数希腊人一样，修昔底德最初可能认为，随着公元前421年《尼奇亚斯和约》的签订，战争已经结束，因而停止了对资料的搜集。
可后来的事实证明，战争不但没有结束，而且在更大范围内展开，并以雅典的失败告终，所以很可能在西西里远征或斯巴达进驻狄凯莱亚后，他又开始搜集有关史料，着手撰写战争的第二、三阶段，并对已经撰写的部分进行修改，以便它更好地与后面的叙述吻合。
这项工作最终未能完成，《伯罗奔尼撒战争史》的最后一卷，即第八卷，大多只是干巴巴的史实记述，缺少前七卷都有的长篇演说，最末一句只写了半截，都说明修昔底德死时，第八卷尚未经加工处理，至于他拟定的后续各卷，可能还没能来得及动笔，因此今天我们所见到的乃残缺之作。
对于史料，修昔底德与希罗多德迥然不同。
修昔底德搜集各种不同史料，从不同的见证人那里采集不同的观点，然后对有关不同看法进行比较、分析，得出结论，整部著作浑然一体，看不出特别明显的矛盾。
修昔底德确实具有很高的史料批判能力，他完全摒弃了神意，对某些流行的说法不予置理，因此在他的书中，德尔斐的神谕几乎没有地位，阿里斯托芬有关伯里克利为阿斯帕西亚奴隶被拐而发动战争的说法被弃之不顾，代之以雅典势力的扩张以及由此引起的斯巴达的恐惧。
修昔底德与希罗多德的另一不同之处，在于他把所有注意力都集中在其主要事件伯罗奔尼撒战争上。
有限的几处“枝蔓”
，也是为说明主题服务的。
对于早期希腊战争史的追述，意在说明伯罗奔尼撒战争规模和影响之大；对于雅典帝国形成与扩大的追述，则是为说明战争的原因——雅典势力的扩大及其引起的斯巴达的恐惧；对早期西西里历史的叙述，主要用于说明西西里各邦与叙拉古的关系。
甚至对战争本身的描述，修昔底德也把注意力集中在与战争有关的政治与军事行动上，对于他认为关系不大的其他事件一概舍弃，内政只有在与战争发生关系时才会被提及，雅典的瘟疫之所以得到详细叙述，因为它使雅典公民人数减少13，使雅典人对战争信心大减，导致了伯里克利的垮台，死亡以及战争政策的改变，最终与雅典的失败联系起来。
整部著作，浑然一部伯罗奔尼撒战争期间希腊的政治与军事史。
修昔底德运用大量演说词来说明战争指导者的动机、方针，刻画人物的性格，交代战争的形势。
修昔底德承认，这些演说词中，有些是他自己亲耳听到的，有些则是由别人转述的，有些则是他认为历史人物在那个特定的场合应当说的。
在交代历史背景方面，修昔底德的这类演说词无疑有其长处。
但在这样做的时候，他不免把历史人物的看法与历史家的观点混同起来了，以致后人难于区分哪些代表修昔底德的看法，哪些代表历史人物的真实观点，有关演说词的真实性，也成了修昔底德研究中的一大热门。
这种风气经修昔底德始创，由色诺芬、波利比阿等人一脉相承，成了希腊历史写作的传统，甚至在近代仍有人模仿，其中不少既缺少修昔底德的文采，更不具有历史的真实，纯粹成为装点门面的工具。
近代西欧的史学家常常把修昔底德奉为客观主义的创始人，德国史家朗克的书房中就总是摆着修昔底德的雕像。
在陈述史实方面，修昔底德基本客观，但在观点上，修昔底德是个地道的党派史学家。
众所周知，修昔底德并不喜欢民主政治，他声称伯里克利指导下的雅典并非真正的民主国家，它正在变成第一公民的统治。
公元前411年四百寡头的政治被推翻后，雅典建立了所谓“五千人政体”
，政治权利被局限在能够自备武装的公民中，修昔底德公开赞扬其是雅典历史上最优良的政体，事实上它在政治、军事上几乎毫无建树；对于众说纷纭的雅典帝国，修昔底德声称是僭主的统治，遭到盟邦的嫉恨，盟邦暴动实属必然。
然而现代的研究表明：有限的几次暴动，大多由少数寡头分子发动。
但是，修昔底德毕竟提供了具体的史实，后人可以借此重建历史的真实情景，充分体现出修昔底德叙史客观的一面。
与希罗多德相较，修昔底德的进步十分明显：他富于理性，将神意完全逐出人的活动之外；他广泛搜集史料，对其做深入的分析，使全书系统而完善；他把注意力集中在主题上，而不让其叙述旁逸斜出、叙事紧凑；他创立了新的纪年方法，使用逐年记述的方法，给历史年代学新的起点；他善于使用类比，以近日之事例遥测远古史实；他富有军事经验，对军事行动的描述远为真实具体。
在许多方面，他不仅优于希罗多德，也远远优于他的所谓继承者如色诺芬、埃弗鲁斯、提奥庞波斯等人。
他的著作至今仍是研究伯罗奔尼撒战争史无可替代的著作。
修昔底德建立的政治-军事史模式在公元前4世纪得到不少人的效仿。
第一位值得一提的人物是他的同胞色诺芬。
色诺芬生于雅典富有之家，是苏格拉底的门徒。
伯罗奔尼撒战争期间，他可能在雅典军队中战斗过，雅典战败后，他参加了波斯王子小居鲁士争夺王位的远征，在希腊雇佣兵撤退中起过重要作用，后又随万人远征军受雇于斯巴达，在科罗奈亚战役中与雅典作战，被雅典人缺席判处死刑。
但斯巴达人给了他一块埃利斯附近的地产，让他得以安心写作。
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