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、“附方”
八个方面加以详细解说，举凡药物的名称来由、别名、产地、形状、采集、加工炮制、药味、药性、适应病症、一些药物功用的新发现、旧本草所述药物的讹误、以该种药物为主剂的11096个验方等无不涉及。
《本草纲目》是一部既带有总结性又富于创造性的著作。
它的创造性主要体现在：
第一，对旧书讹误的订正。
如宋唐慎微的《证类本草》误将葳蕤（滋补强壮药）与女萎（止痢消食药）混为一谈，李时珍在“葳蕤”
条“正误”
栏特别指出：“其治泄痢女萎，乃蔓草也。”
五倍子能收敛止血，可治久痢脱肛、水火烫伤，还可解毒，旧本草或将之收入草部，或将之收入木部，李时珍考察后认为，五倍子是“虫窠也”
。
此虫即蚜虫，五倍子是蚜虫寄生于盐肤木而形成的虫瘿。
其他如天南星和虎掌原是一种植物，旧书却误为两种药。
旋花能益气续筋，属旋花科，山姜属姜科；黄精是一种补药，无毒，钩吻却有剧毒，但有的本草误言“旋花即山姜”
、“黄精即钩吻”
。
兰花是兰科植物，可作观赏用，兰草是菊科植物，可治感冒，宋药物学家寇宗奭却言“兰花为兰草”
。
天花粉为栝楼根，栝楼则是栝楼的果实，宋名医苏颂竟认为天花粉和栝楼是两种植物。
硝石也称火硝（主要成分是硝酸钾），芒硝又名水硝（主要成分是含水硫酸钠），历代本草皆不清楚二者的成分差别，错加解释。
对上述这些错误，李时珍皆一一加以订正，防止了谬种流传。
第三，广录旧本草所不载，但实有功效的新药种。
李时珍在行医中发现三七对跌打损伤的疗效很高，便将它收入《本草纲目》，并详细记载了其名称由来、药用价值及疗效。
曼陀罗又名山茄子，有麻醉作用，东汉名医华佗曾创制“麻沸散”
，但后来此药失传，无人知其如何制取。
李时珍根据民间传说曼陀罗花酿酒可致人笑、舞的说法，通过实验证实了曼陀罗花的麻醉功能，因而将它记入《本草纲目》。
如今，曼陀罗的麻醉作用已通过大量临床实验得到证实。
巴豆长期以来被作为泻药使用，独元朝王海藏言其亦可止泻，但并未加以论证。
李时珍仔细研究后确认巴豆是热性药物，可以祛寒，用以治疗因胃寒而致腹泻类疾患。
依此药理，他为近百名此类患者解除了痛苦，从而在《本草纲目》中为后人留下了巴豆用量大可以致泻，用量小又有止泻功能的宝贵论断。
朱砂对咽喉肿痛有良好疗效，当时只有武当山人采之；半边莲，田边湿地多有生长，可治毒蛇咬伤，但这些药在旧本草中皆无记载，赖李时珍将其收入《本草纲目》。
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