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而身为所长的钱三强从此时起不仅是位著名的科学家同时又是位著名的社会和政治活动家，许多场合上需要出面。
正如他自己所说：“当时，我还兼任科学院计划局工作，又先后参加过几次保卫世界和平会议和有关工作，因此所内的组织领导责任就落在王先生和彭桓武同志的肩上，而王先生负了主要责任。
1956年周恩来总理主持制定我国科学发展十二年规划，其中原子能科学部分的初稿是由王先生主持拟定的。
规划定稿中包括了质子加速器、电子同步加速器的建造，辐射化学的研究和同位素制备等，使得规划扩大了。
所有这些，包括低能核物理、应用核物理、宇宙线、高能核物理、反应堆、加速器、放射化学、同位素制备等方面，为1958年研究所（近代物理研究所1953年10月改名为物理研究所）改名为原子能研究所（由第二机械工业部和中国科学院双重领导）的科学技术范围勾出了初步蓝图……”
钱三强先生说的后来这个由二机部和中科院双重领导的“原子能研究所”
，自苏联背信弃义撕毁同我国一切合作协议后，经毛泽东同志亲自批准，成了后来专司负责研制中国核武器的“九院”
（二机部第九研究院），也称二机部“九局”
和“九所”
。
“九院”
在六七十年代里，是毛泽东为首的第一代领导人心中的“宝贝疙瘩”
，在国家高级机密会议上常被念叨。
为了神秘的使命，中央将这个绝密单位有意设在首都西郊的元大都的土城墙边。
那里一片荒芜，长满了灌木和杂草。
住在这里的农家突然有一天发现在田间地头上耸起一座灰色的四层大楼，周围是高高的围墙，门口有解放军站岗，常有各种轿车进出。
于是“灰楼”
便成了一个神秘禁区。
一二十年后，人们这才知道，这神秘的“灰楼”
是中国研制核武器的指挥机关与核心部门。
“灰楼”
现在依旧耸立在原地，周围有了无数远比它高大和宏伟的建筑。
往日的“灰楼”
淹没在闹市之中的海淀花园路的中央地段。
当我站在车水马龙的大街上，望着百米之外的那座至今仍充满神秘色彩的“灰楼”
时，眼前突然升腾起那光彻天地的“蘑菇云”
……
“九院”
院长是李觉将军，他是在聂荣臻元帅领导下直接指挥“两弹”
研制的现场组织者。
三位副院长便是主管核试验研究的王淦昌、主管理论研究的彭桓武和主管设计研究的郭永怀。
朱光亚、邓稼先、周光召则是王淦昌手下的研究室负责人，极富才能且十分年轻。
从1961年初起，“九院”
的骨干格局一直沿袭至1978年。
后来李觉不再兼任院长了，由时任二机部副部长的王淦昌兼任院长，直至1982年9月。
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