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是时北大设文、理、工、法、商五科，而北洋大学亦有工、法两科。
北京又有一工业专门学校，都是国立的。
我以为无此重复的必要，主张以北大的工科并入北洋，而北洋之法科刻期停办。
得北洋大学校长同意及教育部核准，把土木工与矿冶工并到北洋去了。
把工科省下来的经费，用在理科上。
我本来想把法科与法专并成一科，专授法律，但是没有成功。
我觉得那时候的商科，毫无设备，仅有一种普通商业学教课，于是并入法科，使已有的学生毕业后停止。
我那时候有一个理想，以为文、理两科，是农、工、医、药、法、商等应用科学的基础，而这些应用科学的研究时期，仍然要归到文、理两科来。
所以文、理两科，必须设各种的研究所；而此两科的教员与毕业生必有若干人是终身在研究所工作，兼任教员而不愿往别种机关去的。
所以完全的大学，当然各科并设，有互相关联的便利。
若无此能力，则不妨有一大学专办文、理两科，名为本科；而其他应用各科，可办专科的高等学校，如德、法等国的成例，以表示学与术的区别。
因为北大的校舍与经费，决没有兼办各种应用科学的可能，所以想把法律分出去，而编为本科大学，然没有达到目的。
那时候我又有一个理想，以为文、理是不能分科的。
例如文科的哲学，必植基于自然科学；而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。
从前心理学附入哲学，而现在用实验法，应列入理科；教育学与美学，也渐用实验法，有同一趋势。
地理学的人文方面，应属文科，而地质地文等方面属理科。
历史学自有史以来，属文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科。
所以把北大的三科界限撤去而列为十四系，废学长，设系主任。
我素来不赞成董仲舒罢黜百家、独尊孔氏的主张。
清代教育宗旨有“尊孔”
一款，已于民元在教育部宣布教育方针时说它不合用了。
到北大后，凡是主张文学革命的人，没有不同时主张思想自由的；因而为外间守旧者所反对。
适有赵体孟君以编印明遗老刘应秋先生遗集，贻我一函，属约梁任公、章太炎、林琴南诸君品题。
我为分别发函后，林君复函，列举彼对于北大怀疑诸点；我复一函，与他辩。
这两函颇可窥见那时候两种不同的见解，所以抄在下面。
（略）
这两函虽仅为文化一方面之攻击与辩护，然北大已成为众矢之的，是无可疑了。
越四十余日，而有五四运动。
我对于学生运动，素有一种成见，以为学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等政治的组织。
其有年在二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校。
所以民国七年夏间，北京各校学生，曾为外交问题，结队游行，向总统府请愿；当北大学生出发时，我曾力阻他们，他们一定要参与；我因此引咎辞职，经慰留而罢。
到八年五月四日，学生又有不签字于巴黎和约与罢免亲日派曹、陆、章的主张，仍以结队游行为表示，我也就不去阻止他们了。
他们因愤激的缘故，遂有焚曹汝霖住宅及攒殴章宗祥的事，学生被警厅逮捕者数十人，各校皆有，而北大学生居多数；我与各专门学校的校长向警厅力保，始释放。
但被拘的虽已保释，而学生尚抱再接再厉的决心，政府亦且持不作不休的态度。
都中宣传政府将明令免我职而以马其昶君任北大校长，我恐若因此增加学生对于政府的纠纷，我个人且将有运动学生保持地位的嫌疑，不可以不速去。
乃一面呈政府，引咎辞职，一面秘密出京，时为五月九日。
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