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在大堡礁海域还生活着4000多种棘皮动物和软体动物等其它海洋生物，如：海参、海星、海葵、蠕虫、海绵、海蛞蝓、海蜇、管虫、海胆、海鞘、水母、虾，种类繁多，色彩纷呈。
某些濒临灭绝的动物物种（如人鱼和巨型绿龟）也栖息与此，具有极高的科学研究价值。
大堡礁是海洋中的热带雨林。
珊瑚取代雨林中的树木，鱼类和软体动物取代了鸟兽。
同雨林一样，其中也有各种各样的生物和生存竞争。
夏季，母海龟爬到岛上把蛋产在热沙里。
约八周后成千上万的幼龟便从沙里孵出，争先恐后爬入海中。
在爬向大海的途中，往往被海鸟、螃蟹和老鼠捕食。
在礁外的深水区生活着海豚和鲸等哺乳动物。
在大堡礁的边远处，最凶残的大白鲨和虎鲨则时刻在等待着海豚和海龟。
到处有各种各样的颜色用于求偶、警告、伪装、欺骗。
像绯红的宝贝鱼和有蓝点的红色珊瑚鳟与珊瑚颜色交融在一起。
红白相间的长牙鱼则以身上的条纹来隐蔽其身体。
红蓑蚰的鱼尾像舞蹈演员的裙子那样鲜艳夺目，警告天敌它身上有毒刺。
花纹鲜明的神仙鱼以其闪光的亮斑来威吓闯入其领域的鱼儿。
钻沙洞的斑彩鳎（音tǎ）改变颜色以模仿所处环境。
鱼类觅食的方法形形色色。
石鱼的颜色与所居处的岩石一样，以毒刺杀死猎物。
须鲨皮上长有海草状的毛状物，静卧着等待猎物。
笛鲷群则见什么吃什么。
清扫隆头鱼会清洁其他鱼的伤口以及捕捉寄生虫，因而受到欢迎而不会遭到攻击。
珊瑚岛是无数海鸟的栖息地，成群的海鸥遮空蔽日，为大堡礁增添了无限生机。
这里聚集的鸟类有240多种。
如燕鸥、黑燕鸥、海鸥、鹱（音hù）、军舰鸟、鲣鸟、大海雕等常在珊瑚礁面聒噪。
珊瑚礁群落内环境有异，其深度、温度、清晰度、宁静度及食物的种类随位置而改变，因此成千上万种生物都能找到所需的生存环境。
估计有1400多种鱼、甲壳和贝类动物、海葵、蠕虫、海绵和鸟雀在大堡礁及四周安家;珊瑚只占其中10%。
海参吐出的细碎贝壳和沙粒沉人海底，就会填补珊瑚底基的裂缝，对保护礁石起着关键作用。
珊瑚礁的生态坏境平衡得异常微妙，稍有改变就会受到破坏。
在20世纪六七十年代，刺冠海星的数量激增。
由于刺冠海星会把消化液吐在珊瑚上，令珊瑚死亡，大堡礁的生态因而受到威胁。
导致海星数目暴增的原固是游客捡光礁石上的海螺，而海螺这种食肉的软体动物，经常吃掉刺冠侮星，减少其数量。
保护海螺，就能减少刺冠海星，但部分珊瑚礁的生态平衡必须花上几十年的工夫才能恢复。
大堡礁也是一座巨大的天然海洋生物博物馆。
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