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作为清党的最初力推者，他提出清党务必执行的三原则：抓人必须调查清楚；定罪必须证据确实才可判决；杀人必须其人罪大恶极，提交清党委会员讨论决定后才可执行。
为劝阻滥杀，蔡元培在1928年前后写下《追怀不嗜杀人的总理》一文，其中说：
总理致力革命四十年，不但政敌甚多，就是始信而终叛的人也不少；然而总理最反对暗杀，一切均以堂堂正正之革命军行之。
军行时自然不能没有死伤的人，然这是不得已而杀人，不是嗜杀。
以汤芗铭的反复，并不念他的旧恶；以陈炯明的叛变，还许他们悔过效力；其他类似的人，从没有宣布过死刑。
总理的不嗜杀人，可以公认了。
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但这些做法已不足以约束蒋介石等一干国民党顽固派的行为了。
政治纷争的残酷，远非蔡元培所能预见和主导。
在这种情况下，清党期间，蔡元培亲自出面营救了诸多可能遭捕杀的共产党人和革命青年，如帮助被列入清党黑名单的朱宜权等出走，保释被捕入狱的进步青年史良、郑观松。
1928年1月，蔡元培亲自致电武昌卫戍怀念胡宗铎，要求他释放被捕的教育界人士，称，“闻汉口第二中学学生颇有附和共产党者，因而连及徐校长昌期亦被监禁。
但徐君实无共党嫌疑，如蒙早日开释，无任感荷”
。
这真是一个奇观，力主清党的人却一再为被清的对象说情、提供保护、援助。
但是，这时的蒋介石等这些国民党内蔡元培的“老同志”
，早把总理的风格抛到了脑后，在权力争夺、残酷打击异己的道路上愈行愈远，置蔡元培的规劝于不顾了。
其实，蔡元培和中共的很多领袖之间不仅没有丝毫恩怨，而且私交还不错。
陈独秀、李大钊这两位中国共产党的创始人，正是他任北大校长期间亲自聘请的优秀人才。
就在清党开始之时，李大钊被奉系军阀张作霖处死，蔡元培带头募捐，帮烈士的长子李葆华去日本留学。
他和陈独秀的关系，更不用说了，两人以前就在一起共谋反清、制造炸弹。
陈独秀后来两次被捕，蔡元培都出手相救。
以至于当蔡元培去世以后，陈独秀十分悲伤，在给友人的信中说：“弟前在金陵狱中，多承蔡先生照拂，公乃先我而死，弟之心情上无数伤痕中又增一伤痕矣!”
但蔡元培从维护国民党的大局出发，当然要反对无产阶级专政；他从民主自由价值观出发，当然不赞成打土豪、分田地这种在他看来是侵犯人权的斗争形式。
蔡元培更批评国民党内一部分同志在“西山会议派”
扯起反共大旗以后，仍“迷信总理容共政策，未能坚决拒共”
。
不过，蔡元培毕竟与蒋介石的世界观有着本质的不同，这是学者和政客的分野。
蔡元培的立场是民主和法治维持秩序，而蒋介石的目标则是权力维持秩序。
蔡元培虽然坚定地力主清党，但他主张用温和、法治的手段完成这项使命，蒋介石等人则毫不心慈手软，掀起了一场极为残酷的腥风血雨。
鲁迅后来说，“其实像蔡先生，也还只是一般地赞成进步，并不反对共产党而已。
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