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后期，他一直在干“私活”
——上班点卯后，偷偷找书看。
为防止“意外”
，他选择了自己感兴趣的明末农民战争史作为研究的对象。
据他讲，“在‘**’之前我摘录的明清史资料已经不少，有那么一堆。
在处理抄摘的史料时我留了个心眼，把有关农民起义的史料保存起来，即便有人看到，这也是历史上的‘红线’材料，而从朱元璋起义的、与帝王将相有关的史料都进了造纸厂。
这也就是后来重理业务以探讨明末农民起义做起点的一个重要原因……许多学术界同行是在1976年‘四人帮’垮台，甚至1978年十一届三中全会以后才重理旧业，我多争取了五年左右的时间（尽管不是全部时间），不能不说是一件幸事”
[20]。
正是由于这一时期的勤奋积累，1977年，顾先生回到历史系工作不久就发表了著名的《李岩质疑》，这篇用力颇深的论文，也奠定了他在明清史学界的地位。
此后20余年，先生的研究主要围绕明末农民战争史、南明史和明代的卫所制度等来展开，取得了彪炳史册的成就。
如果说先生早年对农民战争史的研究还带有时代烙印的话，对南明史、明代卫所制度和管理系统等问题的研究则与之一脉相承。
明末农民战争史与南明史的密切关联无须赘言，而卫所制度的研究也是缘于对明末农民战争史的研究，他说，“最初感到卫所制度值得研究还同李岩问题有关”
，原因在于所谓李岩之父李精白的卫籍身份问题。
顾先生从明代的卫籍入手，发现卫所制度背后竟然隐藏着非常重大的历史问题，于是他暂时中断了对南明史的研究，集中五年时间研究卫所制度及其相关问题。
[21]
顾先生的治史方法，深受北师大的两位史学大师的影响，第一位是老校长陈垣先生，第二位则是马克思主义史学家白寿彝先生。
在考证之法方面，他说：“以前陈垣先生曾经谈过研究历史应当在收集材料上做到‘竭泽而渔’。
明清史料浩如烟海，往往力不从心，但作为一种治学的律己精神，作为一种努力的方向，总是应该的。”
[22]北师大另一位史学家赵光贤先生在总结从陈垣先生那里的收益时特别提到了培养“考证功底”
的重要性，他说，既然相信史学的“求真”
职责，求真则有赖于“史料”
，由于史料本身具有局限性，就需要详加考辨，考辨既要充分占有史料，有必要的科学方法，唯有如此，才能最大限度地接近历史的真实。
[23]
顾先生非常感谢白先生在早年对他的指导与赏识，认为是白先生指导他走向治明史之路。
顾先生曾告诉笔者，白先生主编的《中国通史》是呕心沥血之作，是真正的“主编”
，与现在许多挂名“主编”
大不相同，对白先生充满了敬意。
顾先生秉承前辈学者的学风，践履之，传承之。
白先生强调对史料的充分占有，“去伪存真，去粗取精，经过考核分析才是可靠的”
，顾先生则明确表示：学术讨论，“不要在低水平的有材料层次上停止不前”
；又如白先生说：“要注意：决不要想找材料支持我的观点。
这不是个正确的态度。”
[24]白先生多次强调史学工作在教育上的重大意义，顾先生亦以此为研究的重点。
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