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他认为，美国的总统制和三权分立虽然也不是尽善尽美，如监察权不独立，归属于议院，往往容易导致议院“擅用此权，挟制行政机关”
，削弱总统的权力，造成“议会专制”
。
除非有雄才大略的总统如林肯、罗斯福者，便很难达到行政独立之目的。
260但是，如果用五权分立改造美国的三权分立，既可以保障总统权力的实行，也可以分权限制个人的专权。
他说，五权分立把其中所包含的“行政、立法、司法三权提出，作三个独立底权，来施行政治。
行政设一执行政务的大总统，立法就是国会，司法就是裁判官，与弹劾、考试同样是一样独立的”
。
261很显然，在孙中山的思考中，既要建立一个强有力的政府，居于社会的主导地位，又要设法克服大权独揽、个人独裁的倾向。
“如果用这种天然的资格（指中国丰富的自然资源等-引者），再加以人为的功夫，建设一个很完全、很有力的政府，发生极大力量运动全国，中国便可以和美国马上并驾齐驱。”
262
强有力的政府是孙中山总统制权力结构设想的出发点和归宿点，在某种意义上说，它合乎中国地域广大、人口众多的基本国情。
然而在政治实践中，孙中山的主张并没有得到有效的运用和施展。
同盟会领导人在中华民国南京临时政府筹建过程中，就为未来政府的权力结构发生了严重分歧。
孙中山主张总统制，不设总理；宋教仁主张采用内阁制，设总理。
这种分歧在同盟会内部没有实质性的区别，因为二者都是资产阶级政权的一种组织形式。
但这种分歧的严重危害在于，它一方面为后来的权力危机埋下了潜在的因素，为此后的权力结构的争论以及各种解决权力危机的手段提供了借口；另一方面，孙、宋争论的关键毕竟涉及到由孙掌权，还是由宋掌权的具体问题。
如果采纳宋的内阁制，实际上就架空了孙中山；孙中山或许也是基于这种考虑，坚决反对内阁制。
他认为，“内阁制乃平时不使元首当政治之冲，故以总理对国会负责，断非此非常时代所宜。
吾人不能对于惟一置信推举之人，而复设防制之法度。
余亦不肯徇诸人之意见，自居于神圣赘疣，以误革命之大计”
。
263不过，由于孙中山有黄兴等人的有力支持，最后多数赞成实行总统制，由孙中山出任中华民国南京临时政府大总统。
然而，问题也正在于此。
由于孙中山是同盟会内部众望所归的总统当然候选人，因而采纳了孙中山的总统制建议。
但是，一旦孙中山不能继续总统之职怎么办？难道还要因人而宜修订政体吗？后来的事实恰好如此发展，于是为20世纪的中国开了一个极不好的先例，即个人不受法律、制度的制约，而法律、制度则总是因人而宜地改来改去。
按照1912年1月2日颁布的《修正中华民国临时政府组织大纲》的规定，临时大总统既是国家元首，又是政务执行官，拥有“统治全国”
“统率陆海军”
“宣战、媾和、缔结条约”
“制定官制、官规兼任免文武职员”
“设立临时中央审判所”
一系列权力。
264就其权力结构而言，颇合乎孙中山建立强有力政府的构想。
不过，遗憾的是，这种权力模式并没有存在多久，就因人事的变动而作了根本修正。
孙中山出任临时大总统之后，南京政府所面临的问题是怎样尽快推翻清政府。
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