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校长由教授自由选举产生，校务也由教师或学生自主管理，在业务上学校有权授予学位，有权聘任教师。
当时有两种形式：一种是由学生管理，因而称“学生大学”
，如博洛尼亚大学；另一种由教师管理，称“先生大学”
，如巴黎大学。
学校是一个独立王国，并且享有种种特权。
例如，大学可以免税免役，甚至设立自己的法庭。
它不受政府的约束，遇到政府的干涉，往往师生集体迁移，另找地方。
例如，英国剑桥大学就是因为牛津大学学生闹事，学校与市政当局发生冲突而得不到满意解决，部分师生迁移到剑桥而成立的。
2.大学受宗教的控制，神学在教学中占主要地位。
中世纪许多大学的建立都需要得到教会的批准和认可。
在四门学科中，神学是最重要的，也是最高级的学科。
学完文科以后才能进入神学的学习和研究。
3.大学与社会生活严重脱离，与生产劳动相分离。
当时的大学主要培养教会的圣职人员，同时培养社会发展所需要的法律、医学等专门人才。
教学与社会生活严重脱节，大学成为自成一统的象牙之塔。
4.大学的教学内容主要是古典人文学科，教学方法是经院主义的。
当时许多学科还没有从哲学、逻辑学中分化出来。
特别是14世纪以前的中世纪，被称为“黑暗时代”
，认为科学是对上帝的亵渎，许多科学家受到宗教裁判所的迫害。
因此科学在大学教学中还没有成为学科。
（二）现代科学的发展和高等教育体系的建立
现代科学萌芽于14世纪下半叶开始的文艺复兴，然而，它真正独立地成为科学，则是进入16世纪以后。
正如恩格斯在《自然辩证法》导言里所说的：“自然科学借以宣布其独立并且好像是重演路德焚烧教谕的革命行为，便是哥白尼这本不朽著作（《天体运行论》）的出版，他用这本书……来向自然事物方面的教会权威挑战。
从此自然科学便开始从神学中解放出来。”
但是，直到18世纪，科学实验活动的规模依然很小，基本上是科学家个人从事的一种自由研究活动，科学实验的手段也很有限，大多数研究工作还只是建立在观测自然现象的基础上，科学实验与生产的联系很不密切。
到18世纪，科学技术逐渐应用到生产上。
由于科学技术知识的积累和资本主义商品生产的发展，终于在英国爆发了产业革命，从此开始了现代生产的新纪元。
恩格斯在《反杜林论》中指出：“蒸汽机和新的工具把工场手工业变成了现代的大工业，从而把资产阶级社会的整个基础革命化了。
工场手工业时代的迟缓的发展进程变成了生产中的真正的狂飙时期。”
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