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加尔文的改革是一场全面的社会革新，是针对当时的形势而发的，得到了日内瓦市政府的支持。
但是，他的改革并非一帆风顺，而是经历了种种磨难才得以成功的。
他不但要面对强敌天主教的反对，还要面临新教内部及市政府方面的种种压力。
为了彻底击败天主教，表明改革势在必行，加尔文于1543—1544年写成《教会必须改革》一文，历数天主教会的种种腐败行径，抨击了以罗马教皇为代表的教会贵族对各国的剥削，对古代民主教会传统的篡改，提出精简教会机构和礼仪，恢复古代的纯洁教会。
该文发表时正值神圣罗马帝国皇帝查理五世召开斯拜耶尔帝国议会之际，有力地推动了新教事业的发展。
加尔文对各种与自己不同的神学见解进行反击，他坚持人的意志不自由的观点，将坚持自由意志反对预定论的波尔塞克（JeromeBolsec）逐出日内瓦，他抨击日内瓦城中学校长卡斯特里奥（SebastianCastellio），理由是他否认《雅歌》为《圣经》的一部分，并不同意把耶稣下地狱作比喻解释。
西班牙的塞维图斯（MichaelServetus）因反对三位一体，也受到加尔文的驳斥，并在日内瓦城受到灭顶之灾。
这也成了人们批判加尔文的主要罪状之一。
加尔文对圣餐礼非常重视，并写了许多文章反对路德派神学家及茨温利派的观点，如《圣餐礼的信仰告白》（1537年）、《圣餐短论》（1541年）、《捍卫圣礼教义》（1555年）、《再次捍卫圣礼教义》（1556年）、《对威斯特法尔的最后劝诫》（1557年）、《圣餐中真实领受基督体血的正确教义释义》（1561年）等。
他坚决反对天主教会的变体论，也反对路德的同体论及后来路德派的普遍临在论，更反对茨温利的象征论，坚持基督的真实临在论，认为信徒真的分享基督的体和血。
但他又认为临在不是指基督的体和血降临到饼与酒里面，而是人的思想被引向天国，基督自升天后，其身体便不再降临人间。
加尔文的改革在1559年之前并未真正得到全部实施，他的地位也没有稳固下来。
议会虽然支持改革，但在改革的程度及方式上仍有一些不同的看法。
日内瓦城的一些新贵过惯了**不羁、无拘无束的自由生活，他们不希望改革的措施那么严厉，以免危及自身的利益。
加尔文则对这些人的各种丑行深恶痛绝，他的目的是通过严厉的立法，整饬被败坏的道德。
双方的矛盾主要在“绝罚”
（exuni）权力的归属上表现出来。
以佩林（AmiPerrin）为首的几家姻亲贵族联合起来反对加尔文（加尔文称他们为自由放纵派）。
他们掌握了市议会的权力，提出绝罚权在议会，欲控制教会事务的最终决定权。
加尔文认为罚权归教会是古代教会的传统，也是教会及社会改革成败的关键。
他需要世俗政府的支持，但反对世俗政府僭越教会的权力。
他要的是政教合作，反对政教合一，也不主张政教分离。
世俗政府和教会政府各司其职不得越权。
直到1553年，市议会才最终认可了教会的绝罚权。
1555年5月，自由派发动政变未遂，他们的势力彻底败落。
加尔文的地位逐渐稳定下来。
1559年，他获得了日内瓦市市民的称号。
同年，他的《基督教要义》一书最后定稿，全书扩大为4卷80章。
1564年5月27日，加尔文病逝于日内瓦。
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