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徐霞客并未略过探讨钟乳石的成因，他指出：“盖石膏日久凝胎而成”
[70]，“皆玉乳之所融结”
[71]，“皆石髓所凝”
[72]。
虽然当时他还无法知道这些从水中结晶析出的物质是碳酸钙而称之石膏、玉乳等，但其意已清楚表示水中夹带有形成钟乳的物质，这种见解是符合科学的。
徐霞客对石灰岩岩溶地貌的系统考察和科学记述从时间上看比欧洲最早研究喀斯特地貌（即石灰岩地貌）的学者爱士倍尔（Esper）早一百多年，比欧洲最早对喀斯特地貌进行系统分类的瑙曼（aumann）早二百多年。
由此可见，《徐霞客游记》是无可争议的世界上最早的石灰岩岩溶地貌学文献，它的科学价值至今仍有待进一步认识。
徐霞客的科学考察并非只有石灰岩地貌一项，而是多角度地探索各类自然奥秘。
在我国许多地区，尤其长江以南地区存有丰富的砂岩峰林地貌（丹霞地形），这种地貌是由**于地表的厚层砂岩地层经重力崩裂、风化、流水切割等作用而形成的。
徐霞客经考察后认为砂岩岩石具有如下的特点，一是有层理，即“石脉”
；二是质地较粗，可以分辨出颗粒状结构，有的含有卵石（指砾岩）；三是颜色或赭或黑或赭黑相杂，其中以赭红色最为普遍。
徐霞客对砂岩岩石这些特点的概括，也是符合科学实际的。
砂岩地貌形态有方山群、峰林、槽形谷、岩洞、残丘、崖壁等。
这些形态的砂岩地貌，在《徐霞客游记》中都有描述。
如他描述鼓子岩“高亘亦如城，岩下深坳，一带如廊”
（属方山类）[73]；武夷山石峰“岩壁峭立”
（属崖壁类）[74]、“危崖千仞，上突下嵌”
（属崖壁类中的额状崖）[75]；广西白石山会仙岩“其峡两峰中剖……相距不及丈，而悬亘千余尺，俱不即不离，若引绳墨而裁削之者，即俗所夸为‘一线天’”
[76]，“一线天”
式的崖壁在砂岩地貌中较为常见。
此外，徐霞客描述江西弋阳叠龟峰西南的槽形谷：“其处三面环崖，回亘白天，而北与龟、剑二峰为对”
[77]；江西贵溪一带的岩洞：“皆上穹下逊，裂成平窍，可庐而息。”
[78]砂岩岩洞一般深体不深，结构简单，虽然有些岩洞成群排列，或平行数洞，或上下层叠，如同蜂房一般，但不像石灰岩溶洞洞内多有复杂的曲室旁窦及形象纷繁的钟乳。
这点，从徐霞客的描述中亦可看出，如他述及广西白石山会仙崖岩洞“上下开窟，而内渐凑合，旁无氤氲之窍，上无滴沥之乳”
[79]；江西香炉峰之西的拳岩“石粗窍直，无宛转玲珑之致”
[80]；广西都峤山一带的岩洞“一岩甫断，复开一岩，层穴之巅，复环层穴，外有多门，中无旁窦”
[81]。
砂岩地形发育到老龄阶段，则为残丘面貌，徐霞客亦多次描述过这种地形，如他指出江西上饶至贵溪之间的残丘“俱如覆釜伏牛，或断或续，不特形绝崆峒，并无波皱纹，至纤土寸茎，亦不能受”
[82]，当地人称此类残丘石块为“牛牯石”
。
对砂岩地貌的研究，《徐霞客游记》可谓是历史上的第一部典籍。
《徐霞客游记》的地理考察成果特别丰富，除前文所述外，还有对流速之差极大的闽北建溪和闽南宁洋溪（即九龙江）的考察。
他发现了宁洋溪之所以“悬溜迅急，十倍建溪”
[83]是因为宁洋溪流程才300余里，建溪流程长达800余里，而两者的上游高度却相等，所以“程愈迫，则流愈急”
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