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同时，他还起草了《日内瓦信仰告白》，于11月10日为市议会通过。
接着他又就新教信仰编写了一个简明的《教义问答》。
1537年1月，市议会通过了他负责起草的《日内瓦教会组织与崇拜条例》，该条例是加尔文日内瓦教会的规划蓝图，是后来《教会法令草案》的蓝本。
虽然议会通过了很多改革法案，但实施起来却困难重重。
加尔文想让全体居民庄严宣誓弃绝教皇，彻底皈依新的信仰。
这遭到许多人的激烈反对，虽然最终他如愿以偿，但却为未来的改革埋下了祸根。
由于旧的天主教信仰还未彻底肃清，许多人仍暗地里信奉天主教。
在争取独立的战争中产生的新军事贵族们道德败坏，且派系斗争严重，加尔文的改革措施触动了他们的利益，他们联合起来反对加尔文和法莱尔。
1538年的市议会选举中，亲伯尔尼派上台。
他们利用群众的不满情绪向加尔文和法莱尔发难，借口加尔文等反对采用伯尔尼式的宗教仪式，将他们驱出日内瓦。
加尔文第一次实现自己理想的企图以失败告终。
加尔文等先到苏黎世申诉，但没有成功。
法莱尔去了纳沙泰尔，加尔文先到巴塞尔，后经斯特拉斯堡著名改革家马丁·布塞尔（MartinBucer）邀请，到那里教授神学，并兼任流亡那里的法国新教会的牧师，传经布道。
在斯特拉斯堡的生活是加尔文人生历程中的又一重要阶段。
他不但积累了丰富的实践经验，而且在学术上也日渐成熟，为日后在日内瓦的改革成功奠定了基础。
斯特拉斯堡在马丁·布塞尔等人的领导下实行了改革，是个新教城市。
由于该城在宗教方面较宽容，不但容忍新教各派，而且容忍天主教。
布塞尔创立的教会模式给加尔文留下了深刻的印象，后来他便以斯特拉斯堡教会为参考，创立了日内瓦教会。
同时该城斯图谟的教育改革也成为未来日内瓦教育体系的蓝本。
不久，他便获得了市民称号。
他每天忙着讲经布道，积累了丰富的经验。
他参加了查理五世召集的沃姆斯帝国议会，结识了梅兰克顿，并成为好朋友。
1540年8月，加尔文与一位再洗礼派的遗孀阿黛尔塔·德·布尔（IdelletadeBure）结婚。
加尔文一直没有放弃他向往的学术生活，在工作之余，他开始修改已出版的《基督教要义》一书。
1539年7月，他完成修改工作，将原来的6章扩为17章，增加了对《圣经》的讨论，论证更为详尽，资料更为丰富。
同年，他开始注释《罗马人书》，此后注释《圣经》便成了他的主要学术活动之一，到他去世时，已差不多将《圣经》注释完毕。
在这期间，他还写了《圣餐短论》一文，就圣餐礼发表自己的看法。
为了准备斯拜耶尔会议，他还开始酝酿《教会必须改革》一文。
1541年，他的《基督教要义》法文版问世。
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