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在种植选种上，《农政全书》强调“择种为第一义，种一不佳，即天时、地利、人力俱大半弃掷矣”
[44]。
指出选种之法是：“宜簸扬，或淘汰，或导择，取其最粗而圆满者种之。”
[45]徐光启提倡发展经济作物如乌桕、女贞树等，他指出：乌桕子外白穰压取桕油，可造蜡烛；子中仁压取青油，可以燃灯，涂发变黑，又可入漆，可造纸用，用油之外，其渣仍可壅田，可代柴用：其叶可染黑色；其木可削板刻书及雕造器物。
他指出：女贞树寄生白蜡虫（蚧科），取之可制成白蜡，亦有很高的经济价值。
所以乌桕、女贞树等“其利济人，百倍他树”
[46]，应广为种植。
《农政全书》中还记述了徐光启对白蜡虫和蝗虫的研究。
他是我国历史上详细记述白蜡虫生活习性和蝗虫生活史的第一人。
由于商品经济的发展，明代经济作物的产区、种类都有增加，技术得到进一步提高。
中国古代经济作物中与纺织业密切相关的棉花、桑、麻等在明代发展较为迅速。
棉花种植已“遍布于天下，地无南北皆宜之，人无贫富皆赖之”
[47]。
主要产棉区长江三角洲、东南沿海及黄河中下游地区，很多农民都改以植棉为主业。
在棉花浸种、播种、施肥以及间苗、掐尖等生产技术上，也已总结出不少经验。
在桑麻的种植方面，江苏、浙江一带及四川的阆中等地，都是这时期桑麻发展较兴旺的地区。
为了增加桑叶的产量，一些地区采用桑树密植法，徐光启《农政全书》还提到过南方与天争时的桑树速成栽培技术：“多种早桑，壅得肥，养得早，叶便可早成，脱了梅天也。”
[48]在养蚕技术上，一些地区总结出了培育优良蚕种和防治蚕病的经验，如宋应星的《天工开物·乃服》介绍说：“今寒家有将早雄配晚雌者，幻出嘉种”
，又言“若将白雄配黄雌，则其嗣变成褐茧”
。
早雄配晚雌即是将一化性蚕的雄蛾和二化性蚕的雌蛾杂交，使蚕种变异，育出合乎需要的新蚕种。
同样，将黄茧蚕蛾和白茧蚕蛾杂交后，育出的下一代是褐茧蚕蛾。
关于病蚕的发现，《天工开物·乃服》“病症”
条指出：“凡蚕将病，则脑上放光，通身黄色，头渐大而尾渐小。
并及眠之时，游走不眠，食叶又不多者，皆病作也。”
必须“急择而去之，勿使败群”
。
这种根据蚕体变态、行为反常和食欲不振来判断病蚕，并及时将它淘汰以免传染蔓延的做法，是符合科学原理的。
我国是世界上最大的生产柞蚕丝的国家。
明代山东蚕农已有了一套比较成熟的放养柞蚕的方法，无论是椒树、桑树、柘树还是椿树、樗树，皆可放养柞蚕。
明代新引进的经济作物有烟草、落花生等。
烟草在16世纪时经由吕宋传入我国，当时被称作“淡巴菰”
，初在闽广一带种植，明末已流传到北方及云贵地区。
落花生原产南美洲巴西地区，约在15世纪晚期或16世纪早期传入我国东南沿海一带后又逐渐北传，从此在我国又增加了一种新的油料作物。
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